Oorspronkelijk stond de houtzaagmolen in de Zaanstreek, waar "De Rat" voor 1683 als balkenzager werd gebouwd. Aan het eind van de Frans Engelse oorlog, begin twintigste eeuw, verkeerde Nederland in een toestand van algehele malaise. Door een gebrek aan aanvoer van stammen uit het buitenland stonden de vele zaagmolens in De Zaan stil. Het was rond 1829, toen de burgemeester van IJlst besloot om de molen aan te kopen en te verplaatsen naar IJlst. Dit omdat hij zelf houtzaagmeester was en wel een toekomst zag in de molen.

De molen werd als bouwpakket uit elkaar gehaald en weer opgebouwd in IJlst. Rond 1850 wordt de molen overgenomen door fa. Oppedijk, die in IJlst ook al de oude molen bezat. Ruim honderd jaar zaagde de molen nog op windkracht, tot de elektromotor kwam als aandrijving van het proces. De kap en wieken werden verwijderd. Tot 1950 zaagde de Rat voor de fa. Oppedijk balken en planken, maar toen dreigde de molen gesloopt te worden. Gelukkig ontfermde de gemeente IJlst zich over de molen en zorgde ervoor dat omstreeks 1967 "De Rat" weer was voorzien van kap en wieken. In 1977 was de restauratie voltooid en de Rat zaagde vanaf toen weer volledig op windkracht.